Centret blev dannet i 1959 under ledelse af Martin Meyerson, den stiftende direktør, som Harvard-MIT Joint Center for Urban Studies for at behandle intellektuelle og politiske spørgsmål, som en nation, der oplever omfattende demografiske, økonomiske og sociale forandringer, står over for. Forskningen var baseret på den forudsætning, at løsningen af disse spørgsmål krævede fantasifulde tværfaglige tilgange til studiet af byproblemer og -spørgsmål og krævede samarbejde mellem universiteter, regering og industri.
I 1989 blev der foretaget en adskillelse fra Massachusetts Institute of Technology og blev udelukkende tilknyttet Harvard’s Graduate School of Design og Kennedy School of Government. Centeret konsoliderede det fokus på boliger, der var opstået i løbet af 1970’erne, og ændrede endelsen på sit navn fra “Urban Studies” til “Housing Studies”.”
Et årligt foredrag til ære for John Thomas Dunlop administreres af Joint Center for Housing Studies. Bemærkelsesværdige hovedtalere omfatter: Herbert Kohler Jr. (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014); Marty Walsh (2017); Raphael Bostic (2018); Kim Dowdell (2019); og Michael Maltzan (2020).