I begyndelsen af 1920’erne overvejede A.P. Møller mulighederne for at gå ind i linjeskibsfarten. Trampfarten, hvor skibene sejlede fra havn til havn afhængigt af efterspørgslen, forventedes med tiden at tabe terræn til linjeskibe. Den 12. juli 1928 forlod skibet Leise Mærsk Baltimore på sin første rejse fra den amerikanske østkyst via Panamakanalen til Fjernøsten og retur. Lasten bestod af Ford-bildele og andet stykgods. Dette var indvarslede starten på Maersk’s skibsfartstjenester. Maersk Line begyndte at vokse i 1946 efter Anden Verdenskrig ved at transportere varer mellem Amerika og Europa, inden det udvidede sine tjenester i 1950. Den 26. april 1956 blev den havbårne containertransport introduceret med forsendelsen af en Sea-Land-container om bord på SS Ideal X fra Port Newark, New Jersey, til Houston, Texas. I 1967 deltog det engelske rederi P&O i det første europæiske initiativ, som bestod i en sammenlægning af fire selskabers linjetrafik i det nye selskab Overseas Containers Limited (OCL). Både Sea-land og P&O blev senere overtaget af Maersk Line, da selskabet udvidede sine aktiviteter mellem 1999 og 2005.
I 1999 indgik Maersk en aftale om overtagelse af Safmarine Container Lines (SCL) og dets relaterede linjeskibsaktiviteter fra South African Marine Corporation Limited (Safmarine). På overtagelsestidspunktet drev Safmarine Container Lines ca. 50 linjeskibe og en flåde på ca. 80 000 containere. Selskabet dækkede i alt ti farter og supplerede fuldt ud Maersk Lines eksisterende net. Safmarine Container Lines blev indlemmet i A.P. Moller – Maersk Group som en selvstændig enhed med egne linjeskibsaktiviteter.
Den 10. december 1999 overtog A.P. Moller Group den internationale containervirksomhed fra SeaLand Service Inc. Denne virksomhed blev integreret i A.P. Møller-koncernens selskaber, og som led i denne integration ændrede Maersk Line sit navn til Maersk Sealand. Overtagelsen omfattede 70 skibe, næsten 200.000 containere samt terminaler, kontorer og agenturer rundt om i verden.
I maj 2005 meddelte Maersk planer om at købe P&O Nedlloyd for 2,3 mia. På tidspunktet for overtagelsen havde P&O Nedlloyd 6 % af den globale markedsandel i branchen, og Maersk-Sealand havde 12 %. Det fusionerede selskab ville få en markedsandel på ca. 18 % af verdensmarkedet. Maersk afsluttede opkøbet af selskabet den 13. august 2005, og Royal P&O Nedlloyd-aktierne ophørte med at blive handlet den 5. september 2005. I februar 2006 antog den nye fusionerede enhed navnet “Mærsk Line”
På det tidspunkt, hvor selskabet blev lagt ind under A.P. Moller, ejede og chartrede det en flåde på over 160 skibe. Dens containerflåde, der bestod af egne og leasede skibe, havde en kapacitet på 635.000 TEU (twenty-foot equivalent units). Royal P&O Nedlloyd N.V. havde 13 000 ansatte i 146 lande.
I slutningen af 2006 var Maersk’s globale markedsandel faldet fra 18,2 % til 16,8 %, samtidig med at de to næststørste rederier øgede deres markedsandel, MSC gik fra 8,6 % til 9,5 % og CMA CGM fra 5,6 % til 6,5 %. I januar 2008 annoncerede Maersk Line drastiske reorganiseringsforanstaltninger.
I november 2015 meddelte Maersk Line efter lavere resultater end forventet, at det havde besluttet at afskedige 4 000 medarbejdere inden 2017. Koncernen sagde, at den ville skære sine årlige administrationsomkostninger med 250 millioner dollars over de næste to år og ville aflyse 35 planlagte rejser i fjerde kvartal af 2015 oven i de fire regelmæssigt planlagte sejladser, som den aflyste tidligere på året.
I oktober 2015 kontrollerer Maersk Line sammen med sine datterselskaber som Seago, MCC, Safmarine og SeaLand en samlet andel på 18 % af det samlede marked for containertransport.
Siden 1. december 2017 har Hamburg Süd allerede været en del af selskabet.