Myöhemmät teokset
Keväällä 1770 Lessing siirtyi Wolfenbütteliin Brunswickin herttuan kirjastoon, jossa hän oleskeli kuolemaansa 15.2.1781 saakka. Vuonna 1772 ilmestyi Emilia Galotti, Virginiateemaan perustuva kotimainen tragedia. Lessingin tarkoituksena oli modernisoida roomalainen tarina; sen sijaan, että Emilia lankeaisi prinssin viettelevään valtaan, hän valitsee kuoleman isänsä Odoardon käsissä. Lopullinen ratkaisu jää varsin epäuskottavaksi, hyvin älylliseksi harjoitukseksi: Friedrich von Schlegel kutsui näytelmää ”loistavaksi esimerkiksi dramaattisesta algebrasta”; Johann Wolfgang von Goethe puhui nur gedacht (harkitusta) näytelmästä.
Lessingin poliittisen vallan ja mielivaltaisen auktoriteetin tematiikan käyttöönotto on kuitenkin varmasti löytänyt helposti vastakaikua aikansa vihaisten nuorten miesten keskuudessa, vaikkei näytelmässä puolletakaan väkivaltaista irtautumista perinteisestä vallankäytöstä. Galotti uhraa tyttärensä – hän ei tapa prinssiä. Todellinen puute on se, että Emilia Galottilla ei ole sankaria. Emilia ei selvästikään ole sankari, ei myöskään hänen isänsä. Marinelli on liian halveksittava roisto, ja prinssiltä puuttuu henkilökohtainen arvo hallitsijana. Vaikka hän hallitsee loistavan sanailun esimerkiksi keskustelussa taidemaalari Contin kanssa, hän paljastaa itsensä ailahtelevana, vastuuttomana rakastajana ja hallitsijana, joka on nopeasti valmis allekirjoittamaan kuolemantuomion.
Vuonna 1778 Lessing ajautui kiivaaseen teologiseen kiistaan ortodoksiprotestanttien kanssa, kun hän julkaisi katkelmia hampurilaisprofessori Hermann Samuel Reimarusin kirjoittamasta teoksesta ”Apologia kohtuullisen jumalanpalvonnan puolesta”. Lessingin peloton hyökkäys Hampurin pastoria Johann Melchior Goezea vastaan teoksessa Anti-Goeze (1778) ja hänen jalo suvaitsevaisuuden puolustamisensa kariutuivat kuitenkin, kun protestantit taivuttelivat Brunswickin herttuan Kaarle I:n vaientamaan hänet. Lessing, joka oli julmasti tuomittu pidättäytymään vastaamasta hyökkäyksiin, kärsi epätoivon vuoden: hänen rakas vaimonsa Eva König, erään hamburgilaisen ystävänsä leski, kuoli tammikuussa 1778. Lessing oli mennyt hänen kanssaan naimisiin syksyllä 1776.
Anti-Goezessa Lessing lausui ylpeän toteamuksen: ”Jos Jumala pitelisi oikeassa kädessään kaikkea totuutta ja vasemmassa kädessään alati aktiivista totuuden etsintää, vaikkakin muistuttaen, että tulen aina ja iankaikkisesti erehtymään, ja sanoisi minulle: ’Valitse’, valitsisin nöyrästi hänen vasemman kätensä ja sanoisin: ’Isä, anna’. Puhdas totuus on vain Sinua varten.”’ Lessingin näkemyksillä oli ilmeisesti paljon yhteistä Baruch Spinozan panteismin kanssa. Molemmat uskoivat, että perimmäinen totuus oli kaikkien kirkollisten dogmien alapuolella.
Nathan der Weise: Ein dramatisches Gedicht (1779; Nathan the Wise), joka on kirjoitettu tyhjin säkein, osoittaa tämän ajatuksen. Se ei ole niinkään draama kuin Lessingin edistyksellisen ajattelun, uskonnollisen suvaitsevaisuuden ja valistuneen humanismin ilmentymä. Ei ole epäilystäkään siitä, etteivätkö Mendelssohn ja Lessing itse olleet Nathanin luonteen esikuvia. Komediallisista piirteistään huolimatta näytelmä ei ole mikään comédie larmoyante. Se kääntyy Boccaccion Dekameronin ensimmäisestä päivästä peräisin olevan merkityksellisen sormustarinan ympärille: sormukset symboloivat kolmea uskontoa – kristittyä, juutalaista ja muhamettilaista. Tämä sormusvertaus esiintyy myös Gesta Romanorumissa, 1400-luvun alun latinankielisessä kertomuskokoelmassa.
Die Erziehung des Menschengeschlechts (1780) vahvistaa Lessingin syvää uskoa ihmiskunnan valistukseen ja edistykseen. Uskonnon eri muodot ovat vain vaiheita pyrkimyksessä kohti täydellisyyttä ja totuutta. Lessing teeskenteli olevansa vain ”Ihmisrodun kasvatus” -teoksen sadan kappaleen toimittaja. Itse asiassa se tiivistää hänen uskonoppejaan. Pitääkö hän kiinni kuolemattomuuden dogmasta? Hän uskoo selvästi metempsykoosiin eli ihmisen (tai eläimen) sielun siirtymiseen kuoleman yhteydessä uuteen ruumiiseen; ja hän vahvistaa vahvasti luottamuksensa inhimilliseen kehitykseen ja sen korkeimpiin vaiheisiin: valaistumiseen ja sydämen puhtauteen. Erbsünde-oppi, perisynti, osoitetaan ihmisen kyvyttömyydeksi olla älyllisesti moraalilain ohjaama. Kasvatus on avain Lessingin uskoon. Uskonnollista vakaumusta koskevissa lausunnoissa on hyvin henkilökohtainen sävy, kun on kyse kaiken varmuuden perustasta tiedossa ja uskosta ikuiseen kaitselmukseen, jota ei voi koskaan rationaalisesti havaita. Lessing ymmärtää, että ”lyhin linja ei aina ole suora.”
Voidaan kiistellä siitä, oliko Lessing Euroopan ensimmäinen kriitikko, kuten Thomas Babington Macaulay väitti, mutta hän oli varmasti Goethen ja Schillerin ohella mitä nerokkain ja pelottomin taiteellisen muodon arvioija ja suuri modernin kirjallisuuden kriitikko.