Pozdější práce
Na jaře 1770 odešel Lessing do brunšvické vévodské knihovny ve Wolfenbüttelu, kde zůstal až do své smrti 15. února 1781. V roce 1772 vyšla domácí tragédie Emilia Galotti na motivy Virginie. Lessingovým záměrem bylo modernizovat římský příběh; Emilia raději než aby podlehla svůdné moci prince, volí smrt z rukou svého otce Odoarda. Konečné řešení zůstává poněkud nepřesvědčivým, vysoce intelektuálním cvičením: Friedrich von Schlegel ji označil za „skvělý příklad dramatické algebry“, Johann Wolfgang von Goethe hovořil o nur gedacht (promyšlené) hře.
Lessingovo zavedení tématu politické moci a svévolné autority však muselo najít pohotovou odezvu mezi rozhněvanými mladými muži své doby, ačkoli hra nepropaguje násilný rozchod s tradiční mocí. Galotti obětuje svou dceru – prince nezabije. Skutečnou chybou je, že Emilia Galotti nemá žádného hrdinu. Emilia zjevně není hrdinkou, stejně jako její otec. Marinelli je příliš opovrženíhodný padouch a kníže postrádá osobní postavení vládce. Ačkoli ovládá brilantní repliky, například v rozhovoru s malířem Contim, projevuje se jako náladový, nezodpovědný milovník a vládce, který je rychle připraven podepsat rozsudek smrti.
Od roku 1778 se Lessing pouští do ostrého teologického konfliktu s ortodoxními protestanty, když publikuje úryvky z Apologie rozumného uctívání Boha hamburského profesora Hermanna Samuela Reimaruse. Lessingův neohrožený útok na hamburského pastora Johanna Melchiora Goezeho v knize Anti-Goeze (1778) a jeho ušlechtilá obhajoba tolerance však byly zmařeny, když protestanti přesvědčili Karla I., vévodu brunšvického, aby ho umlčel. Lessing, krutě odsouzený k tomu, aby na útoky neodpovídal, prožil rok zoufalství: v lednu 1778 zemřela jeho milovaná žena Eva Königová, vdova po hamburském příteli. Lessing se s ní oženil na podzim 1776.
V Anti-Goeze Lessing pronesl hrdý výrok: „Kdyby Bůh ve své pravici držel veškerou pravdu a ve své levici věčně aktivní hledání pravdy, i když s připomínkou, že se budu na věky věků mýlit, a řekl mi: ‚Vyber si‘, vybral bych si v pokoře jeho levou ruku a řekl: ‚Otče, dej. Čistá pravda je jen pro Tebe.“ Lessingovy názory měly zřejmě mnoho společného s panteismem Barucha Spinozy. Oba věřili, že konečná pravda leží pod všemi církevními dogmaty.
Nathan der Weise: Dramatisches Gedicht (1779; Nathan Moudrý), napsaný ve slepém verši, tuto myšlenku dokládá. Není to ani tak drama, jako spíše projev Lessingova pokrokového myšlení, náboženské tolerance a osvíceného humanismu. Není pochyb o tom, že Mendelssohn a sám Lessing byli vzorem Nathanovy postavy. Hra navzdory komediálním rysům není žádnou larmoyantní komedií. Obrací se k významové bajce o prstenech z Boccacciova prvního dne Dekameronu: prsteny symbolizují tři náboženství – křesťanské, židovské a mohamedánské. Toto prstenové podobenství se objevuje také v Gesta Romanorum, latinské sbírce příběhů z počátku 14. století.
Die Erziehung des Menschengeschlechts (1780) potvrzuje Lessingovu hlubokou víru v osvícenost a pokrok lidského rodu. Různé formy náboženství jsou pouhými stupni ve snaze o dosažení dokonalosti a pravdy. Lessing předstíral, že je pouhým editorem sta odstavců „Výchovy lidského rodu“. Ve skutečnosti shrnuje jeho učení o víře. Zastává dogma o nesmrtelnosti? Jasně věří v metempsychózu, tj. převtělení duše člověka (nebo zvířete) při smrti do nového těla; a důrazně potvrzuje svou důvěru v lidský pokrok a jeho nejvyšší stupně: osvícení a čistotu srdce. Učení o Erbsünde, prvotním hříchu, je demonstrováno jako neschopnost člověka rozumně se řídit mravním zákonem. Klíčem k Lessingově víře je vzdělání. Ve výrocích o náboženském přesvědčení, pokud jde o základ veškeré jistoty v poznání a víry ve věčnou Prozřetelnost, kterou nelze nikdy racionálně vnímat, je obsažena velmi osobní nota. Lessing si uvědomuje, že „nejkratší linie není vždy přímá“.
Zda byl Lessing prvním kritikem v Evropě, jak tvrdil Thomas Babington Macaulay, je sporné, ale rozhodně byl spolu s Goethem a Schillerem nejbrilantnějším a neohroženým posuzovatelem umělecké formy a velkým moderním literárním kritikem.