Későbbi művek
1770 tavaszán Lessing a braunschweigi hercegi könyvtárba, Wolfenbüttelbe ment, ahol 1781. február 15-én bekövetkezett haláláig tartózkodott. Emilia Galotti című, virginiai témára épülő házi tragédiája 1772-ben jelent meg. Lessing szándéka a római történet modernizálása volt; Emilia ahelyett, hogy a herceg csábító hatalmába kerülne, inkább a halált választja apja, Odoardo keze által. A végső megoldás meglehetősen kevéssé meggyőző, erősen intellektuális feladat marad: Friedrich von Schlegel “a drámai algebra nagyszerű példájának” nevezte; Johann Wolfgang von Goethe nur gedacht (átgondolt) darabról beszélt.
Lessingnek a politikai hatalom és az önkény témájának bevezetése azonban készséges visszhangra találhatott korának dühös fiataljai körében, noha a darab nem a hagyományos hatalommal való erőszakos szakítást hirdeti. Galotti feláldozza a lányát – nem öli meg a herceget. Az igazi hiba az, hogy Emilia Galottinak nincs hőse. Emilia egyértelműen nem hős, ahogyan az apja sem az. Marinelli túlságosan megvetendő gonosztevő, a hercegnek pedig hiányzik a személyes uralkodói tekintélye. Bár briliáns szókimondást sajátít el, például a Conti festővel folytatott beszélgetésben, mégis szeszélyes, felelőtlen szeretőnek és uralkodónak mutatja magát, aki hamar kész aláírni a halálos ítéletet.”
1778-tól Lessing heves teológiai konfliktusba keveredett az ortodox protestánsokkal, amikor Hermann Samuel Reimarus hamburgi professzor Apologia for the Reasonable Worship of God című művének töredékeit tette közzé. Lessingnek az Anti-Goeze (1778) című művében Johann Melchior Goeze hamburgi lelkész elleni rettenthetetlen támadása és a tolerancia nemes védelme azonban meghiúsult, amikor a protestánsok rávették I. Károlyt, Braunschweig hercegét, hogy hallgattassa el. Lessing, akit kegyetlenül arra ítéltek, hogy ne válaszoljon a támadásokra, egy évig szenvedett a kétségbeeséstől: szeretett felesége, Eva König, egy hamburgi barátjának özvegye 1778 januárjában halt meg. Lessing 1776 őszén vette feleségül.
Az Anti-Goeze-ben Lessing büszkén nyilatkozott: “Ha Isten a jobb kezében tartaná az egész igazságot, a bal kezében pedig az igazság örökös keresését, bár azzal az emlékeztetővel, hogy örökkön-örökké tévedni fogok, és azt mondaná nekem: “Válassz!”, alázattal az Ő bal kezét választanám, és azt mondanám: “Atyám, add!”. A tiszta igazság egyedül Neked való”‘. Lessing nézetei nyilvánvalóan sok közös vonást mutattak Baruch Spinoza panteizmusával. Mindketten hittek abban, hogy a végső igazság minden egyházi dogma mögött rejlik.
Nathan der Weise: Ein dramatisches Gedicht (1779; Nathan, a bölcs), amely üres versben íródott, ezt a gondolatot mutatja be. Kevésbé dráma, mint inkább Lessing progresszív gondolkodásának, vallási toleranciájának és felvilágosult humanizmusának megnyilvánulása. Kétségtelen, hogy Mendelssohn és maga Lessing voltak Nathan jellemének modelljei. A darab, komédiaszerű vonásai ellenére, nem comédie larmoyante. Boccaccio Dekameronjának első napjáról származó, sokatmondó gyűrűmese körül forog: a gyűrűk a három vallást szimbolizálják – keresztényt, zsidót, mohamedánt. Ez a gyűrűparabola a Gesta Romanorumban, egy XIV. század eleji latin mesegyűjteményben is megjelenik.”
A Die Erziehung des Menschengeschlechts (1780) megerősíti Lessing mélységes hitét az emberi faj felvilágosodásában és fejlődésében. A vallás különböző formái csupán állomások a tökéletesség és az igazság felé való törekvésben. Lessing úgy tett, mintha csupán “Az emberi faj nevelése” száz bekezdésének szerkesztője lenne. Valójában az ő hittételeit foglalja össze. Fenntartja a halhatatlanság dogmáját? Egyértelműen hisz a metempszichózisban, vagyis az emberi (vagy állati) léleknek a halálkor új testbe való átvándorlásában; és határozottan megerősíti az emberi fejlődésbe és annak legmagasabb fokaiba vetett bizalmát: a megvilágosodásba és a szív tisztaságába. Az Erbsünde, az eredendő bűn tanát úgy mutatja be, mint az ember képtelenségét arra, hogy az erkölcsi törvények értelmesen irányítsák. Lessing hitének kulcsa a nevelés. A vallásos meggyőződésről szóló kijelentésekben van valami nagyon személyes hangvételű, ami a tudás minden bizonyosságának és a racionálisan soha fel nem fogható örök Gondviselésbe vetett hitnek az alapját illeti. Lessing felismeri, hogy “a legrövidebb vonal nem mindig az egyenes.”
Azt, hogy Lessing volt-e az első kritikus Európában, ahogy Thomas Babington Macaulay állította, lehet vitatni, de az biztos, hogy Goethével és Schillerrel együtt a művészi formák legzseniálisabb és legfélelmet nem ismerő bírálója és nagyszerű modern irodalomkritikus volt.