Sanfilippo a commencé à travailler dans l’entreprise de noix de son père, John B. Sanfilippo & Son, Inc.(« JBSS »), alors qu’il avait neuf ans. En 1963, à la mort de son père, alors que les ventes annuelles de l’entreprise ne s’élevaient qu’à 383 000 $, il en a assumé le contrôle quotidien. Au cours des décennies suivantes, M. Sanfilippo a fait de l’entreprise un important fournisseur de noix à l’échelle régionale, puis nationale, vendant des noix de marque et de marque privée ainsi que des produits connexes, principalement à des supermarchés, des marchands de masse, des dépanneurs et des fournisseurs de services alimentaires.
Les efforts de M. Sanfilippo étaient principalement axés sur le décorticage et le traitement mécaniques d’une variété de noix. Il a dirigé l’ingénierie, la conception et l’installation des installations de décorticage de la société à travers les États-Unis (pacanes au Texas, amandes et noix en Californie, arachides dans le sud-ouest des États-Unis), ainsi que l’installation de traitement final à Elgin, dans l’Illinois, une installation d’un million de pieds carrés acquise auprès de Panasonic pour 48 millions de dollars et ouverte en 2007.
En 1991, Sanfilippo a conduit l’entreprise à devenir cotée au Nasdaq avec un chiffre d’affaires annuel de 151 millions de dollars à l’époque.
Sanfilippo a utilisé des acquisitions stratégiques au cours des décennies pour développer et étendre l’entreprise. En 1995, Sanfilippo et JBSS ont acquis la marque de noix Fisher de Procter &Gamble, qui est devenue par la suite la marque de noix de recette la plus vendue aux États-Unis.
En 2006, après avoir été président et chef de la direction de l’entreprise pendant 24 ans, Sanfilippo s’est retiré de la gestion active de l’entreprise et son fils Jeffrey Sanfilippo lui a succédé.