Sanfilippo ha iniziato a lavorare nell’azienda di noci di suo padre, John B. Sanfilippo & Son, Inc.(“JBSS”), quando aveva nove anni. Nel 1963, alla morte del padre, quando il fatturato annuo dell’azienda era di soli 383.000 dollari, ha assunto il controllo quotidiano. Nei decenni successivi Sanfilippo costruì l’azienda trasformandola prima in un importante fornitore regionale e poi nazionale di frutta secca, vendendo frutta secca di marca e a marchio privato e prodotti correlati principalmente a supermercati, commercianti di massa, negozi di alimentari e fornitori di servizi alimentari.
L’obiettivo principale degli sforzi di Sanfilippo era la sgusciatura meccanica e la lavorazione di una varietà di frutta secca. Ha guidato l’ingegneria, la progettazione e l’installazione degli impianti di sgusciatura dell’azienda in tutti gli Stati Uniti (noci pecan in Texas, mandorle e noci in California, arachidi negli Stati Uniti sud-occidentali), nonché l’impianto di lavorazione finale di Elgin, Illinois, un impianto di un milione di piedi quadrati acquistato da Panasonic per 48 milioni di dollari e aperto nel 2007.
Nel 1991 Sanfilippo ha portato l’azienda a essere quotata al Nasdaq con un fatturato annuo di allora di 151 milioni di dollari.
Sanfilippo ha utilizzato acquisizioni strategiche nel corso dei decenni per crescere ed espandere il business. Nel 1995 Sanfilippo e JBSS hanno acquisito il marchio di dadi Fisher da Procter & Gamble, che in seguito è diventato il marchio di dadi da ricetta più venduto negli Stati Uniti.
Nel 2006, dopo essere stato presidente e amministratore delegato della società per 24 anni, Sanfilippo si è ritirato dalla gestione attiva del business ed è stato succeduto da suo figlio Jeffrey Sanfilippo.