Khaidu wordt vermeld in de Geheime Geschiedenis van de Mongolen, de Geschiedenis van Yuan shi, en de Jami al-Tawarikh. Hij werd geboren rond 1025 als de jongste van de acht zonen van Koningin Monolun, de weduwe van Khachi Khulug, zoon van Menen Dutum. In deze tijd had de Liao Dynastie (907-1125) van de Mongoolse Khitan controle over Mongolië, hoewel de meest noordelijke regio’s moeilijk onder controle te houden waren. In de jaren 1050 vielen de Khitans van de Liao Dynastie de Jalair aan, een Darligin Mongoolse stam die leefde bij de rivier de Kerulen in het uiterste oosten van Mongolië. De Jalair vluchtten naar de Borjigin Mongolen onder leiding van Koningin Monolun (Nomulun in de Geheime Geschiedenis), de moeder van Khaidu. Zij doodden Monolun en al haar zonen behalve Khaidu die verborgen werd gehouden door zijn oom Nachin. Khaidu veroverde later de Jalair en maakte hen tot zijn onderdanen.
Rashid Al-Din zegt in de Jami Al-Tawarikh:
De rivier Kerulen ligt dicht bij het gebied van de Khitanen. Bewoners van Khitai, Jalair en andere Mongoolse stammen hadden voortdurend oorlogen en botsingen met elkaar. In die tijd kwam een talrijk leger van de Khitans plunderend en rovend. Toen de Jalairs dit leger zagen, dachten zij dat de rivier de Kerulen als barrière zou dienen. Er was een doorwaadbare plaats bij de rivier, maar zij waren er zeker van dat de Khitans niet in staat zouden zijn de rivier over te steken. Dus zwaaiden zij spottend met hun hoeden en mouwen vanaf de andere kant van de rivier, roepend: “Kom en plunder ons vee!” Omdat het leger van de Khitans talrijk was, verzamelden zij vakkundig droge takken en dood hout en bouwden in één nacht een dam om de rivier over te steken. De Khitans brachten een enorme nederlaag toe aan de Jalairs en plunderden al hun levende have en bezittingen. Van alle Jalairs ontsnapte slechts één groep van 70 tenten en vluchtten naar het westen met hun vrouwen en kinderen tot aan de grenzen van Monolun de vrouw van Dutum Menen (onjuist, want zij was eigenlijk de vrouw van Khachi Khulug zoon van Dutum Menen). Omdat de Jalairs vreselijke honger leden, groeven zij de wortels uit van een plant, sudusun genaamd, die in dat gebied als eetbaar werd beschouwd, en aten die op. Uiteindelijk lieten zij de weiden van de zonen van Monolun vol gaten en gaten achter. Monolun zei: “Waarom vernielen en bederven jullie de weiden van mijn zonen?” Daarom grepen de Jalairs Monolun en doodden haar. Haar zonen waren allen getrouwd met vrouwen van verschillende stammen en waren talrijk. De Jalair vreesden voor hun veiligheid. Dus lokten zij ook elk van haar zonen in een hinderlaag en doodden hen. Haar jongste zoon Khaidu verbleef als schoonzoon bij de Qanbagud stam. Daarvoor had zijn oom Nachin ook als schoonzoon bij die stam doorgebracht, zoals eerder vermeld (Mongolen trouwden in hun tienerjaren en brachten vele jaren door als schoonzoon). Toen Nachin hoorde van het verraad van de Jalairs en de dood van de zonen van zijn broer Dutum Menen, verborg hij Khaidu in een groot vat waarin Mongolen kumiss (gefermenteerde paardenmelk) lieten uitlekken en hield hem daar. Spoedig vroegen andere omringende stammen, waaronder enkele Jalair, aan de 70 tenten van Jalair: “Met welk recht hebben jullie deze wreedheden begaan?” en zij versloegen hen allen. Hun vrouwen en kinderen werden allen slaven van Khaidu, de zoon van de bovengenoemde Monolun.