Khaidu é mencionado na História Secreta dos Mongóis, na História de Yuan shi, e na História de Jami al-Tawarikh. Ele nasceu por volta de 1025 como o mais novo dos oito filhos da Rainha Monolun, a esposa viúva de Khachi Khulug, filho de Menen Dutum. Nessa época a Dinastia Liao (907-1125) do mongol Khitan tinha controle sobre a Mongólia, embora as regiões mais setentrionais fossem difíceis de manter sob controle. Na década de 1050, os Khitans da Dinastia Liao atacaram os Jalair, uma tribo Darligin Mongol que vivia no rio Kerulen, na região nordeste da Mongólia. Os Jalair fugiram para os Borjigin Mongóis liderados pela Rainha Monolun (Nomulun na História Secreta), a mãe dos Khaidu. Eles mataram Monolun e todos os seus filhos, exceto Khaidu que foi escondido por seu tio Nachin. Khaidu mais tarde conquistou o Jalair e fez deles seus súditos.
Rashid Al-Din diz no Jami Al-Tawarikh:
O rio Kerulen fica perto da área dos Khitans. Residentes de Khitai, Jalair e outras tribos mongóis tiveram constantes guerras e confrontos entre si. Naquela época, um exército numeroso veio dos ataques e saques dos Khitans. Quando os Jalairs viram esse exército, pensaram que o rio Kerulen serviria como uma barreira. Havia um vau no rio, mas eles estavam certos de que o Khitan não seria capaz de atravessar o rio. Então eles acenaram com seus chapéus e mangas do outro lado do rio gritando: “Venham e saqueiem nosso gado!” Porque o exército de Khitan era numeroso, eles habilmente juntaram ramos secos e madeira morta e numa noite construíram uma barragem para atravessar o rio. Os Khitans deram uma enorme derrota nos Jalairs e saquearam todo o seu gado vivo e pertences. De todos os Jalairs apenas um grupo de 70 tendas escapou e fugiu para o oeste com suas esposas e filhos alcançando os limites de Monolun a esposa de Dutum Menen (incorreta, porque ela era na verdade a esposa de Khachi Khulug filho de Dutum Menen). Porque os Jalairs estavam passando uma fome terrível, eles cavaram as raízes de uma planta chamada sudusun que era considerada comestível naquela área e a comeram. Acabaram deixando as pastagens de cavalos dos filhos de Monolun, todas escavadas e cheias de buracos. Monolun disse: “Porque destroem e estragam os pastos dos meus filhos?” Por isso os Jalairs agarraram Monolun e mataram-na. Os filhos dela eram todos casados com esposas de tribos diferentes e eram numerosos. Os Jalair temiam pela sua segurança. Então eles também emboscaram cada um dos seus filhos e mataram-nos. Seu filho mais novo, Khaidu, estava passando um tempo como genro entre a tribo Qanbagud. Antes disso, seu tio Nachin também tinha passado tempo com aquela tribo como genro, como mencionado anteriormente (os mongóis casaram em seus pré-adolescentes e passaram muitos anos como genro). Quando Nachin soube das traições cometidas pelos Jalairs e da morte dos filhos de seu irmão Dutum Menen, escondeu Khaidu em um grande recipiente no qual os mongóis drenavam kumiss (leite de égua fermentado) e o mantinham lá. Logo outras tribos ao redor, incluindo alguns Jalair, perguntaram ao Jalair da tenda 70: “Com que direito você cometeu essas atrocidades?” e todos eles os derrotaram. Suas esposas e filhos se tornaram todos escravos de Khaidu, o filho do supracitado Monolun.