Khaidu se menciona en la Historia secreta de los mongoles, la Historia de Yuan shi y el Jami al-Tawarikh. Nació alrededor de 1025 como el menor de los ocho hijos de la reina Monolun, la esposa viuda de Khachi Khulug, hijo de Menen Dutum. En esta época, la dinastía Liao (907-1125) de los mongoles jitanos tenía el control de Mongolia, aunque las regiones más septentrionales eran difíciles de mantener bajo control. En la década de 1050, los jitanos de la dinastía Liao atacaron a los jalair, una tribu mongola darligina que vivía en el río Kerulen, en la región más oriental de Mongolia. Los Jalair huyeron hacia los mongoles Borjigin dirigidos por la reina Monolun (Nomulun en la Historia Secreta), la madre de Khaidu. Mataron a Monolun y a todos sus hijos, excepto a Khaidu, que fue escondido por su tío Nachin. Khaidu conquistó más tarde a los Jalair y los convirtió en sus súbditos.
Rashid Al-Din dice en el Jami Al-Tawarikh:
El río Kerulen está cerca de la zona de los jitanos. Los habitantes de Khitai, Jalair y otras tribus mongolas tenían constantes guerras y enfrentamientos entre sí. En aquella época un numeroso ejército llegó de los jitanos haciendo incursiones y saqueos. Cuando los jalair vieron este ejército, pensaron que el río Kerulen serviría de barrera. Había un vado en el río, pero estaban seguros de que los jitanos no podrían cruzar el río. Así que agitaron burlonamente sus sombreros y mangas desde el otro lado del río gritando «¡Venid a saquear nuestro ganado!». Como el ejército jitano era numeroso, reunieron hábilmente ramas secas y madera muerta y en una noche construyeron una presa para cruzar el río. Los jitanos asestaron una gran derrota a los jalairs y saquearon todo su ganado y pertenencias. De todos los Jalairs sólo un grupo de 70 tiendas escapó y huyó hacia el oeste con sus esposas e hijos alcanzando los límites de Monolun la esposa de Dutum Menen (inexacto, porque en realidad era la esposa de Khachi Khulug hijo de Dutum Menen). Como los jalairs pasaban un hambre atroz, desenterraron las raíces de una planta llamada sudusun que se consideraba comestible en esa zona y se la comieron. Acabaron dejando los pastos de los caballos de los hijos de Monolun todo cavado y lleno de agujeros. Monolun dijo: «¿Por qué destruís y estropeáis los pastos de mis hijos?». Por ello, los jalairs agarraron a Monolun y la mataron. Todos sus hijos estaban casados con esposas de diferentes tribus y eran numerosos. Los Jalair temían por su seguridad. Así que también emboscaron a cada uno de sus hijos y los mataron. Su hijo menor, Khaidu, estaba pasando un tiempo como yerno entre la tribu Qanbagud. Anteriormente, su tío Nachin también había pasado tiempo con esa tribu como yerno, como se mencionó anteriormente (los mongoles se casaban en su preadolescencia y pasaban muchos años como yerno). Cuando Nachin se enteró de las traiciones cometidas por los Jalairs y de la muerte de los hijos de su hermano Dutum Menen, escondió a Khaidu en una gran vasija en la que los mongoles vaciaban kumiss (leche de yegua fermentada) y lo mantuvo allí. Pronto, otras tribus de los alrededores, entre las que se encontraban algunos Jalair, preguntaron a los 70 Jalair de la tienda: «¿Con qué derecho habéis cometido estas atrocidades?» y todos los derrotaron. Sus esposas e hijos se convirtieron en esclavos de Khaidu, el hijo del mencionado Monolun.