Centret bildades 1959 under ledning av Martin Meyerson, dess grundande direktör, som Harvard-MIT Joint Center for Urban Studies för att ta itu med intellektuella och politiska frågor som konfronterar en nation som upplever omfattande demografiska, ekonomiska och sociala förändringar. Dess forskning byggde på premissen att lösningen av dessa frågor krävde fantasifulla tvärvetenskapliga tillvägagångssätt för att studera urbana problem och frågor och krävde samarbete mellan universitet, regering och näringsliv.
År 1989 skedde en uppdelning från Massachusetts Institute of Technology, och blev ansluten enbart till Harvards Graduate School of Design och Kennedy School of Government. Centret konsoliderade det fokus på bostäder som hade uppstått under 1970-talet, och ändrade ändelsen av sitt namn från ”Urban Studies” till ”Housing Studies.”
En årlig föreläsning till John Thomas Dunlops ära administreras av Joint Center for Housing Studies. Bland de anmärkningsvärda föredragshållarna kan nämnas följande: Herbert Kohler Jr (2001); Angelo Mozilo (2002); Henry Cisneros (2003); Kim B. Clark (2004); Jack Kemp (2005); Lewis Ranieri (2008); Shaun Donovan (2009); Marc Morial (2010); Jonathan Reckford (2011); Mel Martínez (2012); Ron Terwilliger (2013); Jonathan F. P. Rose (2014), Marty Walsh (2017), Raphael Bostic (2018), Kim Dowdell (2019) och Michael Maltzan (2020)
.