I början av 1920-talet övervägde A.P. Moller möjligheterna att gå in i linjetrafik. Tramptrafiken, där fartygen seglade från hamn till hamn beroende på efterfrågan, förväntades med tiden förlora mark till linjesjöfarten. Den 12 juli 1928 lämnade fartyget Leise Mærsk Baltimore för sin första resa från den amerikanska östkusten via Panamakanalen till Fjärran Östern och tillbaka. Lasten bestod av Ford-bildelar och annat styckegods. Detta var inledningen till Maersks sjöfartstjänster. Maersk Line började växa 1946 efter andra världskriget genom att transportera varor mellan Amerika och Europa innan tjänsterna utökades 1950. Den 26 april 1956 introducerades havsburen containertransport genom att en Sea-Land-container transporterades ombord på SS Ideal X från Port Newark, New Jersey, till Houston, Texas. År 1967 deltog det angloamerikanska transportföretaget P&O i det första europeiska initiativet, en sammanslagning av linjetrafik från fyra företag till det nya företaget Overseas Containers Limited (OCL). Både Sea-land och P&O skulle senare tas över av Maersk Line i samband med att företaget utökade sin verksamhet mellan 1999 och 2005.
1999 ingick Maersk ett avtal om förvärv av Safmarine Container Lines (SCL) och dess relaterade linjeverksamhet från South African Marine Corporation Limited (Safmarine). Vid tidpunkten för förvärvet drev Safmarine Container Lines cirka 50 linjeskepp och en flotta på cirka 80 000 containrar. Företaget täckte totalt tio trader och kompletterade till fullo Maersk Lines befintliga nätverk. Safmarine Container Lines anslöt sig till A.P. Moller – Maersk-koncernen som en oberoende enhet med egen linjeverksamhet.
Den 10 december 1999 förvärvade A.P. Moller-koncernen den internationella containerverksamheten från SeaLand Service Inc. Verksamheten integrerades med A.P. Moller-koncernens företag och som en del av integrationen bytte Maersk Line namn till Maersk Sealand. Förvärvet omfattade 70 fartyg, nästan 200 000 containrar samt terminaler, kontor och agenturer runt om i världen.
I maj 2005 tillkännagav Maersk planer på att köpa P&O Nedlloyd för 2,3 miljarder euro. Vid tidpunkten för förvärvet hade P&O Nedlloyd 6 % av den globala branschens marknadsandel och Maersk-Sealand 12 %. Det sammanslagna företaget skulle ha cirka 18 % av världsmarknadsandelen. Maersk slutförde uppköpet av företaget den 13 augusti 2005 och Royal P&O Nedlloyds aktier upphörde att handlas den 5 september. I februari 2006 antog den nya sammanslagna enheten namnet ”Mærsk Line”
När företaget slogs samman med A.P. Moller ägde och chartrade det en flotta på över 160 fartyg. Dess containerflotta, som bestod av ägda och leasade fartyg, hade en kapacitet på 635 000 tjugofotsekvivalenter (TEU). Royal P&O Nedlloyd N.V. hade 13 000 anställda i 146 länder.
I slutet av 2006 hade Maersk globala marknadsandel sjunkit från 18,2 % till 16,8 %, samtidigt ökade de två näst största rederierna sin marknadsandel, MSC gick från 8,6 % till 9,5 % och CMA CGM från 5,6 % till 6,5 %. I januari 2008 tillkännagav Maersk Line drastiska omorganiseringsåtgärder.
I november 2015, efter sämre resultat än väntat, meddelade Maersk Line sitt beslut att säga upp 4 000 anställda fram till 2017. Koncernen sade att den skulle minska sina årliga administrationskostnader med 250 miljoner dollar under de kommande två åren och att den skulle ställa in 35 planerade resor under det fjärde kvartalet 2015, utöver de fyra reguljära resor som den ställde in tidigare under året.
I oktober 2015 kontrollerar Maersk Line tillsammans med sina dotterbolag som Seago, MCC, Safmarine och SeaLand en sammanlagd andel på 18 procent av den totala marknaden för containerfrakt.
Sedan den 1 december 2017 har Hamburg Süd redan ingått i bolaget.