Sanfilippo begyndte at arbejde i sin fars nøddevirksomhed, John B. Sanfilippo & Son, Inc. (“JBSS”), da han var ni år gammel. I 1963, efter faderens død, da virksomhedens årlige omsætning kun var på 383 000 USD, overtog han den daglige ledelse af virksomheden. I løbet af de følgende årtier opbyggede Sanfilippo virksomheden til først en regional og siden en national leverandør af nødder, der solgte både mærkevarer og private mærker af nødder og relaterede produkter til primært supermarkeder, mass merchandiser, dagligvarebutikker og foodservice-leverandører.
Et af Sanfilippos hovedfokus var på mekanisk skalning og forarbejdning af en række forskellige slags nødder. Han stod i spidsen for projekteringen, udformningen og installationen af virksomhedens afskallingsanlæg i hele USA (pekannødder i Texas, mandler og valnødder i Californien, jordnødder i det sydvestlige USA) samt det endelige forarbejdningsanlæg i Elgin, Illinois, et anlæg på en million kvadratmeter, der blev erhvervet fra Panasonic for 48 millioner dollars og åbnet i 2007.
I 1991 førte Sanfilippo virksomheden til at blive noteret på Nasdaq med en daværende årlig omsætning på 151 millioner dollars.
Sanfilippo benyttede sig af strategiske opkøb i løbet af årtierne til at vokse og udvide virksomheden. I 1995 købte Sanfilippo og JBSS mærket Fisher-nødder fra Procter & Gamble, som senere blev det bedst sælgende mærke til opskriftsnødder i USA.
I 2006 trak Sanfilippo sig tilbage fra aktiv ledelse af virksomheden efter at have været præsident og administrerende direktør i 24 år, og blev efterfulgt af sin søn Jeffrey Sanfilippo.