Khaidu wird in der Geheimen Geschichte der Mongolen, in der Geschichte von Yuan shi und im Jami al-Tawarikh erwähnt. Er wurde um 1025 als jüngster der acht Söhne von Königin Monolun, der verwitweten Frau von Khachi Khulug, dem Sohn von Menen Dutum, geboren. Zu dieser Zeit hatte die Liao-Dynastie (907-1125) der mongolischen Khitan die Kontrolle über die Mongolei, obwohl die nördlichsten Regionen nur schwer unter Kontrolle zu halten waren. In den 1050er Jahren griffen die Khitan der Liao-Dynastie die Jalair an, einen mongolischen Darligin-Stamm, der am Kerulen-Fluss in der fernöstlichen Region der Mongolei lebte. Die Jalair flohen zu den Borjigin-Mongolen unter der Führung von Königin Monolun (Nomulun in der Geheimen Geschichte), der Mutter von Khaidu. Sie töteten Monolun und alle ihre Söhne außer Khaidu, der von seinem Onkel Nachin versteckt wurde. Khaidu eroberte später die Jalair und machte sie zu seinen Untertanen.
Rashid Al-Din sagt in der Jami Al-Tawarikh:
Der Kerulen-Fluss liegt in der Nähe des Gebiets der Khitans. Die Bewohner von Khitai, Jalair und anderen mongolischen Stämmen hatten ständige Kriege und Zusammenstöße mit einander. Zu dieser Zeit kam ein zahlreiches Heer aus dem Gebiet der Khitan, um zu plündern und zu brandschatzen. Als die Jalair dieses Heer sahen, dachten sie, der Fluss Kerulen würde als Barriere dienen. Es gab eine Furt am Fluss, aber sie waren sicher, dass die Khitan den Fluss nicht überqueren konnten. Also schwenkten sie spöttisch ihre Hüte und Ärmel und riefen von der anderen Seite des Flusses: „Kommt und plündert unser Vieh!“ Da die khitanische Armee zahlreich war, sammelten sie geschickt trockene Äste und totes Holz und bauten in einer Nacht einen Damm, um den Fluss zu überqueren. Die Khitaner fügten den Jalairs eine schwere Niederlage zu und plünderten ihr gesamtes Vieh und ihr Hab und Gut. Von allen Jalairs entkam nur eine Gruppe von 70 Zelten und floh mit ihren Frauen und Kindern nach Westen, wo sie die Grenzen von Monolun, der Frau von Dutum Menen, erreichten (ungenau, denn sie war eigentlich die Frau von Khachi Khulug, dem Sohn von Dutum Menen). Da die Jalairs furchtbaren Hunger litten, gruben sie die Wurzeln einer Pflanze namens Sudusun aus, die in dieser Gegend als essbar galt, und aßen sie. Am Ende hinterließen sie die Pferdeweiden von Monoluns Söhnen völlig ausgegraben und voller Löcher. Monolun sagte: „Warum zerstört und verwüstet ihr die Weiden meiner Söhne?“ Daraufhin ergriffen die Jalairs Monolun und töteten sie. Ihre Söhne waren alle mit Frauen aus verschiedenen Stämmen verheiratet und zahlreich. Die Jalair hatten Angst um ihre Sicherheit. Deshalb überfielen sie auch jeden ihrer Söhne und töteten sie. Ihr jüngster Sohn Khaidu hielt sich als Schwiegersohn beim Stamm der Qanbagud auf. Zuvor hatte auch sein Onkel Nachin, wie bereits erwähnt, als Schwiegersohn bei diesem Stamm gelebt (Mongolen heirateten im Vorschulalter und verbrachten viele Jahre als Schwiegersohn). Als Nachin von dem Verrat der Jalairs und dem Tod der Söhne seines Bruders Dutum Menen erfuhr, versteckte er Khaidu in einem großen Gefäß, in das Mongolen Kumiss (vergorene Stutenmilch) füllten, und hielt ihn dort fest. Bald fragten andere umliegende Stämme, darunter auch einige Jalair, die 70 Zelt-Jalair: „Mit welchem Recht habt ihr diese Gräueltaten begangen?“, und sie alle besiegten sie. Ihre Frauen und Kinder wurden alle Sklaven von Khaidu, dem Sohn des oben erwähnten Monolun.