Pugacsovban már korán felmerült az ötlet, hogy megszemélyesítse a néhai III. Péter császárt, még mielőtt eljutott volna a jajkai kozákokhoz. Ez nem meglepő, tekintve egy másik közelmúltbeli paraszt-imitátor, Fedot Bogmolov, és az oroszországi imitátorok történelmét.” Pugacsov, gazdag kereskedőnek adva ki magát, állítólag azzal tesztelte a jajki kozákok érzéseit, hogy azt sugallta, hogy tömeges kivonulást vezet Törökországba. Amikor úgy tűnt, hogy a többség egyetért tervével, elérkezettnek látta az időt a lázadás megkezdésére. bár nem sokkal később ismét letartóztatták, és ezúttal öt hónapig Kazanyban tartották fogva, ismét megszökött, és visszatért a jaitskba, hogy megkezdje lázadását.Azzal, hogy megígérte, hogy számos kiváltságot visszaad a kozákoknak és visszaállítja a régi hitet, sikerült megszereznie a szükséges támogatást ahhoz, hogy III. Péterként hirdesse magát. 1762-ben feleségének támogatói, a későbbi cárnő, II. Katalin cárnő által megbuktatott és meggyilkolt III. Péter cárral való erős hasonlóságáról szóló történet egy későbbi legendából származik. Pugacsov azt mesélte, hogy ő és legfőbb hívei megszöktek Katalin karmai közül.
Amikor Pugacsov és tábornokai propaganda, toborzás és reformok ígérete révén hadsereget gyűjtöttek, képesek voltak leigázni a Volga folyó és az Ural között húzódó régió nagy részét. Pugacsov legnagyobb győzelme a felkelés során Kazán bevétele volt. Amellett, hogy nagyszámú kozákot és parasztot gyűjtött össze, Pugacsov tüzérséget és fegyvereket is szerzett, és jobban el tudta látni haderejét, mint azt az orosz hadsereg előre látta volna.
Válaszul Péter Panin tábornok nagy sereggel indult a felkelők ellen, de a szállítási nehézségek, a fegyelem hiánya és rosszul fizetett katonáinak durva engedetlensége hónapokra megbénította minden erőfeszítését, míg Pugacsov számtalan és mindenütt jelenlévő bandája szinte minden ütközetben győzelmet aratott. Michelsohn tábornok csak 1774 augusztusában okozott megsemmisítő vereséget a lázadóknak Zaricin közelében, amikor tízezer halottat vagy foglyot vesztettek. Panin kegyetlen megtorlásai Penza elfoglalása után tették teljessé megaláztatásukat. 1774. szeptember 14-én Pugacsovot saját kozákjai adták át Jaitsknak. Alekszandr Szuvorov fémketrecbe záratta, és előbb Szimbirszkbe, majd Moszkvába küldte nyilvános kivégzésre, amelyre 1775. január 21-én került sor. Moszkva központjában, a Bolotnaja téren lefejezték, majd nyilvánosan kivégezték és felnégyelték.