Khaidu este menționat în Istoria secretă a mongolilor, în Istoria lui Yuan shi și în Jami al-Tawarikh. S-a născut în jurul anului 1025, fiind cel mai tânăr dintre cei opt fii ai reginei Monolun, soția văduvă a lui Khachi Khulug, fiul lui Menen Dutum. În această perioadă, dinastia Liao (907-1125) a khitanilor mongoli deținea controlul asupra Mongoliei, deși regiunile cele mai nordice erau greu de ținut sub control. În anii 1050, khitanii din dinastia Liao i-au atacat pe Jalair, un trib mongol Darligin care trăia la râul Kerulen, în regiunea de extremă est a Mongoliei. Jalair au fugit la mongolii Borjigin conduși de regina Monolun (Nomulun în Istoria secretă), mama lui Khaidu. Aceștia au ucis-o pe Monolun și pe toți fiii ei, cu excepția lui Khaidu, care a fost ascuns de unchiul său Nachin. Khaidu i-a cucerit mai târziu pe Jalair și i-a făcut supuși ai săi.
Rashid Al-Din spune în Jami Al-Tawarikh:
Râul Kerulen este aproape de zona khitanilor. Locuitorii din Khitai, Jalair și alte triburi mongole au avut războaie și ciocniri constante între ei. În acea perioadă, o armată numeroasă a venit dinspre Khitanii care făcea raiduri și jafuri. Când Jalairii au văzut această armată, au crezut că râul Kerulen va servi drept barieră. Exista un vad la râu, dar erau siguri că Khitanii nu vor reuși să treacă râul. Așa că și-au fluturat batjocoritor pălăriile și mânecile de pe cealaltă parte a râului strigând: „Veniți să ne jefuiți vitele!”. Pentru că armata khitanilor era numeroasă, ei au adunat cu îndemânare crengi uscate și lemne moarte și într-o singură noapte au construit un baraj pentru a traversa râul. Khitanii le-au administrat o înfrângere uriașă jalairilor și le-au jefuit toate efectivele de animale vii și bunurile. Din toți jalaurii, doar un singur grup de 70 de corturi a scăpat și a fugit spre vest cu soțiile și copiii lor, ajungând până la granițele lui Monolun, soția lui Dutum Menen (inexact, deoarece aceasta era de fapt soția lui Khachi Khulug, fiul lui Dutum Menen). Deoarece jalaurii se confruntau cu o foame cumplită, au dezgropat rădăcinile unei plante numite sudusun, care era considerată comestibilă în acea zonă, și au mâncat-o. Au sfârșit prin a lăsa pășunile pentru cai ale fiilor lui Monolun toate săpate și pline de găuri. Monolun a spus: „De ce distrugeți și stricați pășunile fiilor mei?”. Pentru asta, jalaurii au prins-o pe Monolun și au ucis-o. Fiii ei s-au căsătorit toți cu soții din diferite triburi și erau numeroși. Jalairii se temeau pentru siguranța lor. Așa că au întins și ei o ambuscadă fiecăruia dintre fiii ei și i-au ucis. Cel mai tânăr fiu al ei, Khaidu, își petrecea timpul ca ginere în tribul Qanbagud. Anterior, unchiul său Nachin petrecuse și el timp în acel trib ca ginere, așa cum s-a menționat anterior (mongolii se căsătoreau în preadolescență și petreceau mulți ani ca ginere). Când Nachin a aflat despre trădările comise de către Jalauri și despre moartea fiilor fratelui său Dutum Menen, l-a ascuns pe Khaidu într-un vas mare în care mongolii au scurs kumiss (lapte de iapă fermentat) și l-a ținut acolo. Curând, alte triburi din jur, inclusiv unii Jalair, i-au întrebat pe cei 70 de Jalair din cort: „Cu ce drept ați comis aceste atrocități?” și cu toții i-au învins. Soțiile și copiii lor au devenit cu toții sclavii lui Khaidu, fiul lui Monolun menționat mai sus.