Dalsze prace
Wiosną 1770 roku Lessing udał się do Brunszwickiej Biblioteki Książęcej w Wolfenbüttel, gdzie przebywał do śmierci 15 lutego 1781 roku. W 1772 roku ukazała się Emilia Galotti, tragedia domowa oparta na motywie Wirginii. Intencją Lessinga było uwspółcześnienie rzymskiej opowieści; Emilia, zamiast ulec uwodzicielskiej mocy księcia, wybiera śmierć z rąk ojca, Odoardo. Ostateczne rozwiązanie pozostaje raczej nieprzekonującym, wysoce intelektualnym ćwiczeniem: Friedrich von Schlegel nazwał ją „wspaniałym przykładem algebry dramatycznej”; Johann Wolfgang von Goethe mówił o sztuce nur gedacht (przemyślanej).
Wprowadzenie przez Lessinga tematu władzy politycznej i arbitralnego autorytetu musiało jednak znaleźć gotowy oddźwięk wśród młodych gniewnych swoich czasów, choć sztuka nie postuluje gwałtownego zerwania z tradycyjną władzą. Galotti poświęca swoją córkę – nie zabija księcia. Prawdziwą wadą jest to, że Emilia Galotti nie ma bohatera. Emilia nie jest bohaterem, nie jest nim też jej ojciec. Marinelli jest zbyt godnym pogardy łotrem, a księciu brakuje osobistego autorytetu jako władcy. Choć włada błyskotliwą ripostą, na przykład w rozmowie z malarzem Contim, ujawnia się jako nastrojowy, nieodpowiedzialny kochanek i władca, który szybko gotów jest podpisać wyrok śmierci.
Od 1778 roku Lessing zaangażował się w ostry konflikt teologiczny z ortodoksyjnymi protestantami, publikując fragmenty Apologii rozumnego czczenia Boga hamburskiego profesora Hermanna Samuela Reimarusa. Nieustraszony atak Lessinga na hamburskiego pastora Johanna Melchiora Goeze w Anti-Goeze (1778) i jego szlachetna obrona tolerancji zostały jednak udaremnione, gdy protestanci przekonali Karola I, księcia Brunszwiku, aby go uciszył. Lessing, okrutnie skazany na powstrzymanie się od odpowiedzi na ataki, przeżył rok rozpaczy: w styczniu 1778 r. zmarła jego ukochana żona Eva König, wdowa po przyjacielu z Hamburga. Lessing poślubił ją jesienią 1776 r.
W Anty-Goeze Lessing wypowiedział dumne stwierdzenie: „Gdyby Bóg w prawej ręce trzymał całą prawdę, a w lewej wiecznie aktywne poszukiwanie prawdy, choć z przypomnieniem, że na wieki wieków będę błądził, i powiedział mi: 'Wybierz’, to w pokorze wybrałbym Jego lewą rękę i powiedziałbym: 'Ojcze, daj. Czysta prawda jest tylko dla Ciebie””. Poglądy Lessinga miały oczywiście wiele wspólnego z panteizmem Barucha Spinozy. Obaj wierzyli, że ostateczna prawda leży pod wszystkimi kościelnymi dogmatami.
Nathan der Weise: Ein dramatisches Gedicht (1779; Nathan Mądry), napisany wierszem, jest dowodem tej idei. Jest to nie tyle dramat, co manifestacja postępowego myślenia Lessinga, jego religijnej tolerancji i oświeconego humanitaryzmu. Nie ulega wątpliwości, że wzorcami postaci Nathana byli Mendelssohn i sam Lessing. Sztuka, mimo cech komediowych, nie jest komedią larmoyante. Obraca się wokół wymownej bajki o pierścieniach z pierwszego dnia Dekameronu Boccaccia: pierścienie symbolizują trzy religie – chrześcijańską, żydowską, mahometańską. Ta przypowieść o pierścieniach pojawia się również w Gesta Romanorum, łacińskim zbiorze opowieści z początku XIV wieku.
Die Erziehung des Menschengeschlechts (1780) potwierdza głęboką wiarę Lessinga w oświecenie i postęp rasy ludzkiej. Różne formy religii są jedynie etapami w dążeniu do doskonałości i prawdy. Lessing udawał, że jest jedynie redaktorem stu paragrafów „Edukacji rasy ludzkiej”. W rzeczywistości streszcza on jego doktryny wiary. Czy podtrzymuje on dogmat o nieśmiertelności? Wyraźnie wierzy w metempsychozę, to znaczy transmigrację duszy człowieka (lub zwierzęcia) w chwili śmierci do nowego ciała; i zdecydowanie potwierdza swoją wiarę w postęp ludzkości i jego najwyższe etapy: oświecenie i czystość serca. Doktryna Erbsünde, grzechu pierworodnego, zostaje ukazana jako niezdolność człowieka do rozumnego kierowania się prawem moralnym. Edukacja jest kluczem do wiary Lessinga. W wypowiedziach o przekonaniach religijnych jest bardzo osobista nuta dotycząca fundamentu wszelkiej pewności wiedzy i wiary w wieczną Opatrzność, której nigdy nie można racjonalnie dostrzec. Lessing zdaje sobie sprawę, że „najkrótsza linia nie zawsze jest linią prostą.”
Czy Lessing był pierwszym krytykiem w Europie, jak twierdził Thomas Babington Macaulay, jest kwestią sporną, ale z pewnością był, wraz z Goethem i Schillerem, najbardziej błyskotliwym i nieustraszonym sędzią formy artystycznej i wielkim nowoczesnym krytykiem literackim.