Khaidu est mentionné dans l’Histoire secrète des Mongols, l’Histoire de Yuan shi, et le Jami al-Tawarikh. Il est né vers 1025 comme le plus jeune des huit fils de la reine Monolun, l’épouse veuve de Khachi Khulug, fils de Menen Dutum. À cette époque, la dynastie Liao (907-1125) des Khitan mongols contrôlait la Mongolie, même si les régions les plus septentrionales étaient difficiles à garder sous contrôle. Dans les années 1050, les Khitans de la dynastie Liao ont attaqué les Jalair, une tribu mongole darligin vivant sur la rivière Kerulen, dans la région extrême-orientale de la Mongolie. Les Jalair fuirent devant les Mongols Borjigin dirigés par la reine Monolun (Nomulun dans l’Histoire secrète), la mère de Khaidu. Ils tuèrent Monolun et tous ses fils, sauf Khaidu qui fut caché par son oncle Nachin. Khaidu conquit plus tard les Jalair et en fit ses sujets.
Rashid Al-Din dit dans le Jami Al-Tawarikh:
La rivière Kerulen est proche de la région des Khitans. Les résidents de Khitai, Jalair et d’autres tribus mongoles avaient des guerres et des affrontements constants les uns avec les autres. A cette époque, une armée nombreuse est venue des Khitan pour faire des raids et des pillages. Lorsque les Jalairs virent cette armée, ils pensèrent que la rivière Kerulen servirait de barrière. Il y avait un gué à la rivière mais ils étaient sûrs que les Khitan seraient incapables de traverser la rivière. Ils ont donc agité leurs chapeaux et leurs manches de manière moqueuse depuis l’autre côté de la rivière en criant « Venez piller notre bétail ! ». Comme l’armée Khitan était nombreuse, ils ont habilement rassemblé des branches sèches et du bois mort et en une nuit, ils ont construit un barrage pour traverser la rivière. Les Khitans infligèrent une énorme défaite aux Jalairs et pillèrent tout leur bétail et leurs biens. De tous les Jalairs, seul un groupe de 70 tentes s’échappa et s’enfuit vers l’ouest avec leurs femmes et leurs enfants, atteignant les frontières de Monolun, l’épouse de Dutum Menen (inexact, car elle était en fait l’épouse de Khachi Khulug, fils de Dutum Menen). Comme les Jalairs souffraient d’une faim terrible, ils déterrèrent les racines d’une plante appelée sudusun, considérée comme comestible dans cette région, et la mangèrent. Ils finirent par laisser les pâturages des chevaux des fils de Monolun tout déterrés et pleins de trous. Monolun dit : « Pourquoi détruisez-vous et abîmez-vous les pâturages de mes fils ? ». Pour cela, les Jalairs se saisirent de Monolun et la tuèrent. Ses fils étaient tous mariés à des femmes de différentes tribus et étaient nombreux. Les Jalairs avaient peur pour leur sécurité. Ils ont donc tendu une embuscade à chacun de ses fils et les ont tués. Son plus jeune fils Khaidu passait du temps comme gendre dans la tribu Qanbagud. Avant cela, son oncle Nachin avait également passé du temps dans cette tribu en tant que gendre, comme mentionné précédemment (les Mongols se mariaient à l’âge pré-adolescent et passaient de nombreuses années en tant que gendre). Lorsque Nachin apprit les trahisons commises par les Jalairs et la mort des fils de son frère Dutum Menen, il cacha Khaidu dans un grand récipient dans lequel les Mongols faisaient couler du kumiss (lait de jument fermenté) et l’y garda. Bientôt, d’autres tribus environnantes, y compris des Jalair, demandèrent aux 70 tent Jalair : « De quel droit avez-vous commis ces atrocités ? » et ils les vainquirent tous. Leurs femmes et leurs enfants devinrent tous esclaves de Khaidu le fils du Monolun précité.