Khaidu er nævnt i mongolernes hemmelige historie, Yuan shi’s historie og Jami al-Tawarikh. Han blev født omkring 1025 som den yngste af de otte sønner til dronning Monolun, enkefru Khachi Khulug, søn af Menen Dutum, som blev født omkring 1025. På dette tidspunkt havde Liao-dynastiet (907-1125) af de mongolske Khitanere kontrol over Mongoliet, selv om de nordligste regioner var vanskelige at holde under kontrol. I 1050’erne angreb Liao-dynastiets khitanere Jalair, en darligin-mongolsk stamme, der boede ved Kerulen-floden i den fjernøstlige del af Mongoliet. Jalair flygtede til Borjigin-mongolerne under ledelse af dronning Monolun (Nomulun i Den hemmelige historie), mor til Khaidu. De dræbte Monolun og alle hendes sønner undtagen Khaidu, som blev skjult af sin onkel Nachin. Khaidu erobrede senere Jalairerne og gjorde dem til sine undersåtter.
Rashid Al-Din siger i Jami Al-Tawarikh:
Kerulen-floden ligger tæt på Khitans område. Indbyggerne i Khitai, Jalair og andre mongolstammer havde konstante krige og sammenstød med hinanden. På det tidspunkt kom en talrig hær fra Khitanerne på plyndringstogter og plyndringer. Da Jalairerne så denne hær, troede de, at Kerulen-floden ville tjene som en barriere. Der var et vadested ved floden, men de var sikre på, at Khitanerne ikke ville være i stand til at krydse floden. Så de viftede hånligt med deres hatte og ærmer fra den anden side af floden og råbte: “Kom og plyndr vores kvæg!” Da Khitan-hæren var talrig, samlede de dygtigt tørre grene og dødt træ og byggede på en nat en dæmning, så de kunne krydse floden. Khitanerne tilføjede Jalairs et stort nederlag og plyndrede alle deres levende dyr og ejendele. Af alle Jalairerne undslap kun en gruppe på 70 telte og flygtede mod vest med deres koner og børn og nåede frem til Monolun, Dutum Menens hustru (ukorrekt, for hun var faktisk hustru til Khachi Khulug, Dutum Menens søn). Da Jalairerne oplevede en frygtelig sult, gravede de rødderne af en plante kaldet sudusun, som blev betragtet som spiselig i det pågældende område, op og spiste dem. Det endte med, at de efterlod Monoluns sønners hestegræsgange helt opgravet og fulde af huller. Monolun sagde: “Hvorfor ødelægger og ødelægger I mine sønners græsgange?” Derfor greb Jalairerne Monolun og dræbte hende. Hendes sønner blev alle gift med hustruer fra forskellige stammer og var talrige. Jalairerne var bange for deres sikkerhed. Så de overfaldt også hver af hendes sønner i baghold og dræbte dem. Hendes yngste søn Khaidu tilbragte tiden som svigersøn blandt Qanbagud-stammen. Før det havde hans onkel Nachin også tilbragt tid hos denne stamme som svigersøn som tidligere nævnt (mongoler giftede sig i deres præ-teenageår og tilbragte mange år som svigersøn). Da Nachin hørte om de forræderier, som Jalairs begik, og om hans bror Dutum Menens sønners død, gemte han Khaidu i et stort kar, hvori mongoler hældte kumiss (gæret hestemælk) og opbevarede ham der. Snart spurgte andre omkringliggende stammer, herunder nogle Jalair, de 70 telt-Jalair: “Med hvilken ret har I begået disse grusomheder?”, og de besejrede dem alle. Deres hustruer og børn blev alle slaver af Khaidu, søn af den ovennævnte Monolun.