Khaidu nämns i mongolernas hemliga historia, Yuan shis historia och Jami al-Tawarikh. Han föddes omkring 1025 som den yngste av åtta söner till drottning Monolun, änka till Khachi Khulug, son till Menen Dutum. Vid denna tid hade Liao-dynastin (907-1125) av de mongoliska khitanerna kontroll över Mongoliet, även om de nordligaste regionerna var svåra att hålla under kontroll. På 1050-talet attackerade Liao-dynastins khataner Jalair, en darligin-mongolisk stam som bodde vid Kerulenfloden i Mongoliets yttersta östra region. Jalairerna flydde till Borjigin-mongolerna under ledning av drottning Monolun (Nomulun i den hemliga historien), mor till Khaidu. De dödade Monolun och alla hennes söner utom Khaidu som gömdes av sin farbror Nachin. Khaidu erövrade senare Jalairerna och gjorde dem till sina undersåtar.
Rashid Al-Din säger i Jami Al-Tawarikh:
Kerulenfloden ligger nära Khitanernas område. Invånarna i Khitai, Jalair och andra mongoliska stammar hade ständiga krig och sammandrabbningar med varandra. Vid den tiden kom en talrik armé från Khitanerna som plundrade och plundrade. När Jalairerna såg denna armé trodde de att Kerulenfloden skulle fungera som en barriär. Det fanns ett vadställe vid floden men de var säkra på att khitanerna inte skulle kunna korsa floden. Så de viftade hånfullt med sina hattar och ärmar från andra sidan floden och ropade ”Kom och plundra vår boskap!”. Eftersom Khitans armé var talrik samlade de skickligt ihop torra grenar och död ved och byggde på en natt en damm för att ta sig över floden. Khitanerna gav Jalairs ett stort nederlag och plundrade all deras boskap och ägodelar. Av alla jalairerna var det bara en grupp på 70 tält som lyckades undkomma och flydde västerut med sina fruar och barn och nådde fram till Monolun, hustru till Dutum Menen (felaktigt, eftersom hon i själva verket var hustru till Khachi Khulug, son till Dutum Menen). Eftersom Jalairerna upplevde en fruktansvärd hunger grävde de upp rötterna av en växt som kallades sudusun och som ansågs vara ätbar i det området och åt den. Det slutade med att de lämnade Monoluns söners hästhagar helt uppgrävda och fulla av hål. Monolun sade: ”Varför förstör och förstör ni mina söners betesmarker?” Därför grep Jalairs Monolun och dödade henne. Hennes söner gifte sig alla med fruar från olika stammar och var många. Jalairerna var rädda för deras säkerhet. Så de lurade också var och en av hennes söner i bakhåll och dödade dem. Hennes yngsta son Khaidu tillbringade tid som svärson hos Qanbagud-stammen. Dessförinnan hade hans farbror Nachin också tillbringat tid hos den stammen som svärson, vilket nämndes tidigare (mongoler gifte sig i förskoleåldern och tillbringade många år som svärson). När Nachin fick reda på Jalairs förräderi och att hans bror Dutum Menens söner hade dött gömde han Khaidu i ett stort kärl i vilket mongolerna tappade kumiss (jäst stojmjölk) och förvarade honom där. Snart frågade andra omkringliggande stammar, däribland några jalairer, de 70 tältjalairerna: ”Med vilken rätt har ni begått dessa grymheter?” och de besegrade dem alla. Deras fruar och barn blev alla slavar hos Khaidu, sonen till den ovannämnda Monolun.